경기도가 도내 기업부설연구소의 지방세 감면 실태에 대한 기획조사를 벌인 결과, 감면 요건을 충족하지 못한 65개 연구소를 적발하고 이들에 대해 총 22억 원의 취득세 등을 추징했다.

경기도가 도내 기업부설연구소의 지방세 감면 실태에 대한 기획조사를 벌인 결과, 감면 요건을 충족하지 못한 65개 연구소를 적발하고 이들에 대해 총 22억 원의 취득세 등을 추징했다.

조사는 2025년 5월부터 7월까지 도와 시군이 합동으로 진행했으며, 대상은 감면 혜택을 받은 기업부설연구소 가운데 지방세 탈루 또는 요건 미비가 의심된 사례였다. 도에 따르면 2024년 12월 기준 도내 기업부설연구소는 총 2만6,985개소이며, 이 가운데 963개소가 최근 5년간 약 298억 원의 취득세 감면 혜택을 받았다.

기업부설연구소는 ‘기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률’에 따라 정식 인정을 받아야 세제 감면을 받을 수 있으며, 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년 이내에 해당 요건을 충족해야 한다. 이후에도 4년간 연구소 용도를 유지해야 한다.

이번 조사에서는 ▲1년 내 연구소 미인정 ▲연구시설 면적 미달 ▲4년 이내 인정 취소 등 다양한 위반 사례가 적발됐다.

대표적 사례로, 용인시의 법인 A는 연구소 용도의 토지를 취득해 감면을 받았지만, 기한 내 인정을 받지 않아 8,300만 원의 취득세가 추징됐다. 성남시 법인 B는 인정 기준에 못 미치는 연구소 면적으로 감면을 받았다가, 감면 요건 불충족으로 중과세가 적용돼 6억7,700만 원을 추징당했다. 안양시의 법인 C는 4년 이내에 연구소 인정이 취소되면서 7,100만 원을 환수당했다.

도는 감면제도를 악용하거나 관리가 미흡한 사례가 반복되고 있다고 보고, 향후 지방세 누락 및 탈루 의심 분야에 대해 기획조사를 지속 추진하겠다는 방침이다.

노승호 경기도 조세정의과장은 “감면제도는 기업의 연구개발을 지원하기 위한 정책적 수단이지만, 요건을 지키지 않으면서 혜택만 받는 것은 조세 정의에 반하는 행위”라며 “앞으로도 세정의 공정성과 형평성을 높이기 위해 시군과 함께 엄정히 대응하겠다”고 밝혔다.